花的颜色五颜六色各不相同是两个因素造成的一个是阳光的反射，一个是花朵自身色素造成的。
首先地球上唯一的自然光源是太阳，太阳光到达地球表面时有一个很广泛的光谱，其宽度在290纳米到1100纳米之间，我们人类的肉眼只能看到其中的一部分，我们把它称为可见光。不同色素吸收不同波长的太阳可见光，不被吸收的光（即被反射出来的光），就是人们肉眼能看见的植物的颜色。
其次就要介绍下色素对花朵颜色的作用了，花的颜色主要是由花瓣里的色素决定的。色素的种类繁多，其中最重要的是类黄酮和类胡萝卜素。目前，已经发现的类胡萝卜素有80种以上，被鉴定出来的类黄酮有五六百种之多，花青素也是其中重要的成员
不同种类的类胡萝卜素，能使花显出黄色、红色或橙红色。有的可以使花显出黄色，如黄玫瑰，有的可以使花显出红色，如郁金香，有的可以使花显出橘红色，如金盏花。
花青素在酸性溶液中呈现红色，在碱性溶液中呈现蓝色，在中性溶液中呈现紫色。这可以用试验来证明：如果把一朵红颜色的牵牛花放在肥皂水碱性液中，花色立即由红变蓝；如果把这朵变蓝了的牵牛花再放入稀盐酸溶液酸性溶液中，花色又由蓝变红了。这实际上就是花瓣中的花青素在不同的环境条件下发生的变色反应。
花色的浓淡与花青素和类胡萝卜素的含量多少有关，而花青素和类胡萝卜素的含量多少又与环境条件有关。在这方面，棉花是一个突出的例证。棉花的花初开的时候，花瓣中主要是无色花青素也叫花青素原和一些黄色的色素，两者合起来，使花呈现乳白色并稍带黄色。当棉花的花开放以后，如果阳光充足，则无色花青素较多地转化成花青素，再因棉株呼吸作用增强，花瓣中的酸性物质增加，于是花就呈现红色直至最后变成紫红色。棉花的变色与气温有关。夏日里气温高，棉花的花变色快；秋日里气温低，棉花的花变色就慢了。
有些植物花的颜色，不是由花冠而是由花的其他部分表现出来的。例如，荞麦、荭草、八仙花的美丽颜色是花萼的颜色；美人蕉、合欢的美丽颜色是雄蕊的颜色。
